本办法适用于中华人民共和国领域内的江河、湖泊、运河、渠道、水库等地表水体(以下统称江河湖泊)水功能区的保护和监督管理。
本办法所称水功能区，是指为满足水资源合理开发、利用、节约和保护的需求，根据水资源的自然条件和开发利用现状，按照流域综合规划、水生态系统保护和经济社会发展要求，依其主导功能划定范围并执行相应保护和管理要求的水域。
国务院水行政主管部门会同国务院发展改革、环境保护行政主管部门，可以根据社会经济发展和水资源开发利用情况，对全国重要江河湖泊水功能区划做出修订。修订后的区划经国务院批准后实施。
省、自治区、直辖市政府可以对全国重要江河湖泊水功能区划提出局部调整建议，报国务院水行政主管部门，并附具流域管理机构的审核意见。国务院水行政主管部门会同国务院发展改革、环境保护行政主管部门审查后，报国务院或者其授权的部门批准。
县级以上地方政府水行政主管部门可以会同有关部门对辖区内其他水功能区划提出补充完善和调整建议，报原批准机关审查批准，并报原备案部门备案。
在水功能区监督管理中涉及防洪、抗旱、水污染防治的，依照《中华人民共和国水法》《中华人民共和国防洪法》《中华人民共和国水污染防治法》等有关法律法规执行。
县级以上地方政府水行政主管部门和流域管理机构根据管理权限，对入河排污口实施巡查和监督检查，必要时可会同有关部门开展联合监督检查。被检查单位应当如实提供有关情况和资料。
景观娱乐用水区是为满足景观、娱乐和各种亲水休闲活动需求划定的水域。
景观娱乐活动不得危及景观娱乐用水区的水质控制目标。
流域管理机构应当根据水功能区保护目标、水域纳污能力、敏感水生态保护目标，以及流域水污染防治和水资源保护等规划要求，提出流域入河排污口布局规划或指导意见。
县级以上地方政府水行政主管部门应当会同有关部门，按照经批准的入河排污口布局规划或指导意见，编制入河排污口整治方案，报同级政府批准后实施。
在实施河道整治、中小河流治理、河湖水系连通工程时，应当统筹考虑入河排污口的综合整治。
在江河湖泊设置入河排污口的建设项目，建设单位应当取得县级以上地方政府水行政主管部门或者流域管理机构出具的入河排污口设置同意文件。
入河排污口的设置审查和出具同意文件实行分级办理。具有以下情形之一的，由流域管理机构负责入河排污口设置审查和出具同意文件：
(一)环境影响评价文件由国务院环境保护行政主管部门审批的建设项目需要设置入河排污口的;
(二)取水许可申请(水资源论证)文件由国务院水行政主管部门或者流域管理机构审批的建设项目需要设置入河排污口的;
(三)河道管理范围内工程建设方案审查文件由流域管理机构审批的建设项目需要设置入河排污口的;
(四)在流域管理机构直接管理的河道(河段)、湖泊、水库设置入河排污口的。
在含有省界断面的水功能区(包括省界缓冲区)内设置入河排污口的，应当事先征求流域管理机构的意见。
其他入河排污口设置同意的分级权限由省、自治区、直辖市政府水行政主管部门确定。
入河排污口需经设置同意部门验收，并取得排污许可证后方可使用。
流域管理机构应当会同有关省、自治区、直辖市政府水行政主管部门，核定全国重要江河湖泊水功能区水域纳污能力，提出限制排污总量意见，报送国务院水行政主管部门和环境保护主管部门。
县级以上地方政府水行政主管部门应当核定辖区内水功能区水域纳污能力，向环境保护行政主管部门提出限制排污总量意见，同时报本级政府和上一级水行政主管部门。
各级政府要把限制排污总量作为水污染防治和污染减排工作的重要依据，完善入河湖排污管控机制和考核体系。
排污控制区是集中接纳生活、生产废污水且对下游水功能区功能不会造成重大不利影响的水域。
在排污控制区排放废污水，不得影响下游水功能区水质目标。县级以上地方政府应当结合城市综合整治措施，逐步减少排污控制区。
开发利用区是为满足工农业生产、城镇生活、渔业、景观娱乐和控制排污等需求划定的水域。
开发利用区应当坚持开发与保护并重，充分发挥水资源的综合效益，保障水资源可持续利用。
同时具有多种使用功能的开发利用区，应当按照其最高水质目标要求的功能实行管理。
拒绝依照本办法规定接受有监督管理权的机关的监督检查，或者在接受监督检查时弄虚作假的，由县级以上地方政府水行政主管部门按照《中华人民共和国水法》的规定处罚。
国家实行水功能区限制纳污制度和水功能区开发强度限制制度。县级以上地方政府应当加强水功能区限制纳污红线管理，严格控制对其水量水质产生重大影响的开发行为，严格控制入河湖排污口设置和污染物排放总量，保障水功能区水质达标和水生态安全，维护水域功能和生态服务功能。
未经水行政主管部门或者流域管理机构同意，在江河湖泊新建、改建、扩大入河排污口的，按照《中华人民共和国水法》和《中华人民共和国水污染防治法》的规定处罚。
向水功能区排污的单位应当于每年1月底前向有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构报告上一年度入河排污情况。两个以上排污单位通过同一入河排污口排放废水污水的，应分别报告。入河排污口暂停使用、永久封闭或者排污情况发生较大变化的，入河排污口设置单位应当及时向有管辖权的水行政主管部门报告。
经批准的水功能区划是水资源开发利用与保护、水污染防治和水环境综合治理的重要依据，应当在水资源管理、水污染防治、节能减排等工作中严格执行。
缓冲区是为协调省际间、矛盾突出地区间的用水关系、衔接内河功能区与海洋功能区、保护区与开发利用区水质目标划定的水域。
缓冲区应当严格管理各类涉水活动，防止对相邻水功能区造成不利影响。在省界缓冲区内从事可能不利于水功能区保护的各类涉水活动，应当事先向流域管理机构通报。
保留区是为未来开发利用水资源预留和保护的水域。
保留区应当控制经济社会活动对水的影响，严格限制可能对其水量、水质、水生态造成重大影响的活动。
保护区是对源头水保护、饮用水保护、自然保护区、风景名胜区及珍稀濒危物种的保护具有重要意义的水域。
禁止在饮用水水源一级保护区、自然保护区核心区等范围内新建、改建、扩建与保护无关的建设项目和从事与保护无关的涉水活动。